L'Associazione SOS Giovani nasce nell'anno 1989 su iniziativa di alcuni volontari che da anni collaborano con l'istituto fondato a Milano da un Santo di Verona, San Giovanni Calabria, che dedicò tutta la sua vita al servizio dei poveri, soprattutto dei giovani orfani e abbandonati.

Nel tempo matura nei Soci e nei Volontari la consapevolezza che oltre agli interventi sul territorio sia di carattere economico per urgenti situazioni di disagio a favore di giovani e famiglie, che di altra natura come cure dentarie, mediche, legali e di ascolto sia necessario aprire uno sbocco di più ampio respiro anche per alcune richieste che provengono da Paesi dell'Est europeo e dall'Africa.

Nascono così iniziative di accoglienza di bimbi ucraini colpiti dalle radiazioni di Cernobyl e interventi economici a favore di qualche centinaio di bimbi orfani del Cameroun, in collaborazione con una Associazione della Curia Vescovile di Douala.

Alcuni volontari si recano nei villaggi del Cameroun per sopralluoghi mirati alla costruzione di pozzi e impianti di pompaggio di acqua potabile, e l'anno 2003 e 2004 vedono l'inizio di un progetto per la realizzazione del tutto.

Nel 2003 viene anche aperta una Casa Famiglia a Milano per l'accoglienza di minori italiani in difficoltà e stranieri in stato di abbandono. È in preparazione l'apertura di altre realtà d'accoglienza. Nel mese di ottobre 2003 SOS Giovani viene riconosciuta come ONLUS dalla Regione Lombardia, dalla Provincia e dal Comune di Milano, e acquisisce pertanto titolo al rilascio di ricevute detraibili fiscalmente per ogni offerta devoluta da benefattori a favore degli scopi sociali. Nel 2014 viene inaugurata una Scuola Professionale Alberghiera.